1.1.1 原始數據格式要求
A.?Fastq格式
B.?Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.1.2 數據分析內容
●基礎分析
1、原始數據基本質控，包括數據量與質量統計
2、數據產出統計及測序數據的成分和質量評估
3、去除接頭、污染序列及低質量reads的處理
4、參考序列比對分析
5、SNP/InDel分析
6、基因表達水平分析
7、基因差異表達分析(≥2個樣本)
8、差異表達基因的GO富集分析(≥2個樣本)
9、差異表達基因的KEGG富集分析(≥2個樣本)
10、樣本間相關性分析(≥2個樣本)
11、轉錄本表達水平分析
12、可變剪切分析
13、新轉錄本預測
●高級分析（定制）
14、LncRNA表達水平分析
15、LncRNA差異表達分析(≥2個樣本)
16、LncRNA靶基因預測
17、差異LncRNA靶基因的GO富集分析
18、差異LncRNA靶基因的KEGG富集分析
19、miRNA靶向結合LncRNA分析
20、LncRNA與mRNA共表達網絡分析
21、Novel LncRNA預測
1.1.3 數據分析周期
基礎分析 ： 10-15工作日
高級分析 ： 10-15工作日(基礎分析后)?
1.2.1 原始數據格式要求
A. Fastq格式
B. Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.2.2 數據分析內容
●基礎分析
1、原始數據基本質控，包括數據量與質量統計
2、數據產出統計及測序數據的成分和質量評估
3、去除接頭、污染序列及低質量reads的處理
4、UniGenes拼接
5、UniGenes注釋分析(NR數據庫或者UniProt數據庫)
6、UniGenes表達分析
7、UniGenes差異表達分析(≥2個樣本)
8、差異表達UniGenes的GO富集分析(≥2個樣本)
9、差異表達UniGenes的KEGG富集分析(≥2個樣本)
10、樣本間相關性分析(≥2個樣本)
11、COG/KOG注釋分析
12、SSR重復序列分析
●高級分析（定制）
13、LncRNA序列預測
14、LncRNA表達水平分析
15、LncRNA差異表達分析(≥2個樣本)
16、LncRNA靶基因預測
17、差異LncRNA靶基因的GO富集分析
18、差異LncRNA靶基因的KEGG富集分析
19、miRNA靶向結合LncRNA分析
20、LncRNA與mRNA共表達網絡分析
21、SNP/InDel分析
1.2.3 數據分析周期
基礎分析 ： 15-20工作日
高級分析 ： 10-15工作日(基礎分析后)?
1.3.1 原始數據格式要求
A. Fastq格式
B. Bcl格式，需要提供Samplesheet文件。
1.3.2 數據分析內容
●基礎分析
1、原始數據基本質控，包括數據量與質量統計
2、數據產出統計及測序數據的成分和質量評估
3、去除接頭、污染序列及低質量reads的處理
4、miRNA長度分布統計
5、miRNA數據庫比對分析
6、miRNA表達水平分析
7、miRNA差異表達分析(≥2個樣本)
8、miRNA飽和度分析
9、Small RNA分類注釋
10、miRNA靶基因預測
11、差異miRNA的GO富集分析(≥2個樣本)
12、差異miRNA的KEGG富集分析(≥2個樣本)
13、差異miRNA的KEGG富集分析(≥2個樣本)
14、樣本間相關性分析(≥2個樣本)
●高級分析（定制）
15、Novel miRNA預測
16、Novel miRNA靶基因預測
17、Novel miRNA差異分析(≥2個樣本)
18、差異Novel miRNA的GO富集分析(≥2個樣本)
19、差異Novel miRNA的KEGG富集分析(≥2個樣本)
1.3.3 數據分析周期
基礎分析 ： 10-15工作日
高級分析 ： 5-10工作日(基礎分析后)?